1.	096.05.18	民間參與環境污染防治設施公共建設接管營運辦法	命令
2.	109.07.27	行政院環境保護署研究發展獎勵要點	行政規則
3.	103.12.31	行政院環境保護署考核直轄市及縣（市）政府環境保護績效作業要點	行政規則
4.	109.01.20	廢/停行政院環境保護署計畫型補助計畫執行作業原則	行政規則
5.	108.05.13	廢/停行政院環境保護署執行公共建設推動工作有功人員敘獎原則	行政規則
6.	097.11.06	廢/停行政院環境保護署補助款申請及審核作業要點	行政規則